Peptidgruppe
Irene Kramer-Schwenk
Biophysik, (C=O)-(NH)-Gruppe, welche zwei Aminosäuren im Oligopeptid, Polypeptid bzw. im Protein miteinander verbindet. Durch Resonanzeffekte im Bereich der Peptidgruppe hat die C-N-Bindung teilweise den Charakter einer Mehrfachbindung. Folglich ist die Torsion um die C-N-Bindung behindert. Deshalb ist die Peptidgruppe vorzugshalber planar, und der Dihedralwinkel w über der C-N-Bindung (innere Koordinaten) weicht wenig von 0o bzw. 180o ab (Protein). Damit reduziert sich die Zahl der Freiheitsgrade in der Konformationsanalyse (Konformation) von Proteinen.
Die Peptidgruppe hat die cis-Konformation, wenn der Sauerstoff und der Wasserstoff in der gleichen Halbebene bezüglich der C-N-Bindung liegen. In realen Proteinen ist allerdings die trans-Konformation (beide Atome in unterschiedlichen Halbebenen) fast ausschliesslich anzutreffen (Isomerie).
Die Peptidgruppe hat ein statisches Dipolmoment von ca. 3,46 Debye, welches sich in Sekundärstrukturen systematisch akkumuliert bzw. auslöscht.
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