lichtmikrokopisches Verfahren mit echtem räumlichem und zeitlichem Auflösungsvermögen nach dem konfokalen Prinzip. Licht von ausserhalb der Brennebene des Mikroskopobjektives wird unterdrückt, eine Defokussierung der Optik erzeugt keine Unschärfe, sondern die Ausblendung der Objektteile, die sich von der Brennebene entfernen. Man spricht deshalb von "optischem Schneiden". Mit dieser Methode können reale dreidimensionale Datensätze aufgenommen und mit Hilfe von Bildverarbeitungssoftware viele Bilder unterschiedlicher Brennebenen zu einem neuen Bild grosser Tiefenschärfe zusammengesetzt werden, während in der konventionellen Lichtmikroskopie grosse Tiefenschärfe nur durch Verkleinerung der Apertur auf Kosten der lateralen Auflösung erzielt werden kann.
In der Konfokalmikroskopie gibt es mehrere instrumentelle Ansätze, deren Anwendung vom erwünschten Ergebnis einer entweder möglichst hohen räumlichen (Punktscanner) oder zeitlichen Auflösung (Schlitzscanner) abhängt, wobei das räumliche konfokale Auflösungsvermögen physikalisch durch die Wellenlänge des Lichts und die numerische Apertur (Apertur, numerische) des Objektives begrenzt ist.
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